曼城
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在投考诺丁汉森林因体型细小而被拒，最终获曼城赏识，提供学徒合约(Youth Training Scheme)，先后为曼城的U-17、U-19及预备队作赛。
乔伊·巴顿获提升到由凯文·基冈任教的一队，他当时担任后腰，在2003年4月5日首次替曼城一队上阵，出战博尔顿，表现不错，4月18日对热刺时取得首个入球，更在对米德尔斯堡一役成为最佳球员，获曼城提供一年合约。2003年9月乔伊·巴顿续约两年。之后一直也是担任曼城的正选中场，他防守的能力非常好，而进攻的能力也不俗，常能为球队取得入球。2004年5月利物浦表示对土生土长的乔伊·巴顿有兴趣，但乔伊·巴顿表示愿意留队，于9月续约三年。同年10月因膝伤动手术而需缺阵6星期。2006年初在谈判续约条件时，乔伊·巴顿提出转会要求被拒，曼城同时拒绝米德尔斯堡的450万英镑提价。7月25日乔伊·巴顿终续约四年。[2]
最终因为一连串的纪律问题，所以被曼城放弃。
纽卡斯尔
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在2007年夏天转往纽卡斯尔联，转会费为580万英镑，签约五年。7月23日在操练受伤，左脚第五跖骨骨裂，需接受手术而缺阵6星期。
2008年7月29日，在乔伊·巴顿因袭击及闹事罪出狱后，纽卡斯尔联愿意留用。10月25日于停赛6场后在作客桑德兰的"泰恩-威尔德比"(Tyne Wear Derby)复出，下半场85分钟后补入替，每次触球也被主场球队喝倒采，乔伊·巴顿在热身时据报被敌对球迷用火箭袭击。10月28日主场对西布罗姆维奇正选上阵，于10分钟射入点球协助球队以2-1击败对手并使纽卡斯尔联脱离榜尾降级区域。11月15日主场2-2赛和维甘竞技，在上半场仅17分钟即因卡特摩尔的硬朗拦截而伤出，赛后证实膝盖韧带受创而需缺阵两个月。
2009年5月3日作客0-3负于利物浦，是乔伊·巴顿伤愈后首次正选出赛，下半场77分钟乔伊·巴顿在右路角球旗附近双脚飞铲哈维·阿隆索，裁判直接出示红牌将他驱逐离场，赛后领队阿兰·希勒大表不满并称其行为愚蠢。据报赛后乔伊·巴顿与阿兰·希勒发生争执，5月5日纽卡斯尔联发表声明:"乔伊·巴顿已被停止参赛直至另行通告。俱乐部现时不作评论"。
2009年7月9日乔伊·巴顿获准在周六举行对沙洛克流浪的季前热身赛归队。8月8日在纽卡斯尔联降班英冠首场比赛作客对西布罗姆维奇下半场获派后补上阵，一星期后主场3-0击败雷丁更重获正选席位。10月1日因伤缺席3场比赛后，乔伊·巴顿受伤的右脚进行探查手术，需要长期养伤。在受伤前，本季由于奇云·路兰及阿伦·史密斯占据中场中的席位，乔伊·巴顿移任右边锋，他于3月23日伤愈复出，于作客对唐卡士打下半场后补入替古费尔。
2010/11年赛季纽卡斯尔联重返英超，乔伊·巴顿在唇上留了小胡子，并称在球队取得首胜前不会剃掉。
公园巡游者
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2011年8月27日，女王公园巡游者官方网站确认，签下了纽卡中场巴顿，合同期为4年。
此前，巴顿曾在推特上公开抨击纽卡斯尔高层，并且扬言要离开球队。最终，纽卡斯尔高层决定让合同还剩一年的巴顿自由转会至其他球队。而巴顿最终选了前往伦敦，加盟英超升班马女王公园巡游者。
2012年5月13日英超最后一轮曼城主场迎战QPR的比赛进行到54分钟，巴顿先是对特维斯犯规被罚下，随后又踢倒阿圭罗并对孔帕尼有暴力行为。比赛后英足总对巴顿进行了两项指控，分别是针对巴顿对阿圭罗和孔帕尼的暴力行为。
英国当地时间2012年5月23日晚，英格兰足总官方网站正式宣布，将对女王公园巡游者中场巴顿进行12场禁赛，罚款75000英镑。
2014-2015赛季巴顿在英超联赛出场28次，打进1球，助攻3次。
2015年5月27日， 女王公园巡游者官方宣布，俱乐部已经和巴顿解约。
伯恩利
2015年8月28日，伯恩利官方宣布，英格兰中场老将巴顿自由转会加盟球队，双方签下了一份为期一年的合同。
他在15/16赛季跟随伯恩利一起获得了英冠联赛冠军，帮助球队时隔一年重返英超，并且当选了伯恩利赛季最佳球员 。
加盟苏超
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2016年5月，苏超豪门格拉斯哥流浪者官方宣布与英超悍将乔伊-巴顿签订两年的合同。33岁的巴顿将在7月1日正式加盟球队 。巴顿职业生涯曾为多支大俱乐部效力，在曼城出道的他还曾在纽卡斯尔和QPR留在自己的足迹，也曾以租借的身份为法甲豪门马赛效力一个赛季，并曾在2007年入选英格兰国家队。司职后腰的巴顿有着不俗的进球能力，职业生涯409场比赛中打进过36粒进球 。
重返伯恩利
2017年1月3日，伯恩利在官网宣布，球队签下巴顿，双方的合同将会持续到本赛季结束 。34岁的乔尔·巴顿将在1月冬季转会窗开启后，巴顿会加盟球队效力至本赛季结束。
在2016年11月离开格拉斯哥流浪者后，巴顿便一直跟随伯恩利一队训练 。
2016年年底，巴顿因为参与投注足球比赛而受到了英足总的指控，但是伯恩利在确认了英足总指控的具体细节之后决定重新签下这名中场球员 。
2017年5月23日， 伯恩利官方宣布与乔伊-巴顿解约 。巴顿在2017年1月加盟伯恩利后，代表球队参加了14场英超比赛，但他在4月遭到英足总对于赌球的指控，赛季结束后他也遭到了伯恩利的解约 。